Move automata library

Tweak provided patch as per @timvieira

See https://github.com/nwf/dyna/pull/72#commitcomment-5504947

Failure on parse errors, issue #71

Solved by also searching for non-interval ranges

Conflicts:
docs/sphinx/_themes/bootstrap

Tweak build process handling of git submodules

Add sphinx bootstrap theme as git submodule

Thanks to kosiakk for the suggestion (via pull request github nwf/dyna#72).
This commit does not us to this theme, merely makes it available.  I'll
leave the actual flip to someone with a sense of aesthetics. :)

Search is broken because of an extra line in git output

Tweak build process

Notably, build compiler without tests if we're not asked for tests.  It's
not quite perfect, since if we are asked for both a compiler and tests we
`cabal configure` again, but so it goes.  Additionally, since we
characterize sphinx as an optional dependency, conditionalize building docs.

Addresses github nwf/dyna#75

Minor updates to be compatible with lens 4

notes from nwf/jason meeting on numbers and strings

added notes about stability, gensyms/capturing, type inference, randomness (based on discussions with nwf)

merged in Jason's changes, mostly a lot of "todo" items added to spec/index.rst in late August 2013

updated and cleaned up the boxes.dyna example. Unfortunately, it still does not run any faster, and the gravity updates still kill the performance of the program. I have it commented out by default so that unsuspecting people can still try running the example without dying.

Made a boxes.dyna example file. It make some boxes and pushes them out of the way if they collide. The command to run it with the post-processor is listed at the top of the file

First cut at a rule planner outside heuristic

This tries to focus the search on plans that are nearer to being done,
hopefully reducing the time-to-first-answer dramatically when a rule has a
lot of subgoals.

NoBackend primitives implicit modes, too

This is more of a hack than a proper solution, but for the moment...

small change to the Makefile. It can now build right after running veryclean. Instead of you having to mkdir the dist/ directory again.

Think I got bounding box information from text that has been plotted using Matplotlib. This can help us close a feedback loop, allowing dyna to readjust where the text has been rendered on the screen afterwards.

first-pass at porting @darcey's tutorial to dyna's sphinx docs

added logo to readme.

Cleanup top-level dir #69

Merge ../working

minor

formatting

expanded overview slightly

format fix

expanded README.md with tutorial links, download instructions, authorship, and an updated disclaimer.

several tweaks.

Fix sphinx warning

Update TODO lists

Tweak version target in Makefile

New automata library

Factor out all the automata logic from Analysis.Mode.Execution.NamedInst to
its own library (Dyna.Analysis.Automata) and port everything over.  I won't
claim it's perfect, but I think it's a good start.

Analysis.Automata.Class is probably the right place to start reading.

The top of force.dyna suggests to use the --postprocess flag, but the dyna interpreter recognizes a --post-process flag.

Further improvments to coverage (now at 87%).

added post processors tests.

use alist `list (a -> b)` as value of `dict=`.

see prev

Consolidate external libs

improve coverage of loaders, coverage omits external libs.

fixed debug script. correctly outputs dopamine.

ignore coverage.py output

new test case

BUGFIX in recompute backchain.

Further improvements to code coverage.

fix force-directed graph layout example.

Big improvements to code coverage!

compiler wont create .anf files by default

Codegen includes ANF in generated source.

add path.py to package

Refactor - put compiler interface in separate module.

Unified duplicate parser state

Cleaned up imports

path.py is back as a dep since IPython's version is too old.

()

Merge ../working

Misc.

 - Use IPython's external dependency on path.py in order to avoid the extra dep.

 - Added command to REPL for pasting mulitline rules. Related to issue #22.

cleanup

Merge ../working

replace cons comparison operator with something much faster.

Merge ../working

Got rid of debug script -- it's now just `--debug` flag on ./dyna

Merge ../working

update alist test case.

Small improvement to REPL debug command.

Merge ../working

ignore crashlog directory

added crash summary.

Many small tweaks.

 - fixed argument disposition of tupling operators: `->` and `:`.

 - Compare rules by their index (i.e. equality, hash,q and sort order).

 - Recompilation works like rule initialization

minor refactor.

Interning is back! However, charts are never deleted.

Fix dict= aggregator, didn't handle the null.

Tweaks:

 - color REPL prompt leads to strange behavior because the width of the prompt
   appears to be miscalculated by readline.

 - tiny improvement to trace's output format

 - tiny tweak to codegen

 - doctest shows diff along with what was expected and what it got.

Filled in spec outline in Sphinx documentation.
Other small changes to documentation organization, configuration, comments, emacs -*- settings,

add debug method to Rule.

Merge branch 'master' of https://github.com/nwf/dyna

changed layout to match sphinx's own documentation, as suggested by sampledoc

minor cleanup

Edited conf.py in Sphinx documentation:
  call it Dyna rather than Dyna2
  changed primary_domain to dy:
  added some commented-out stuff that may be useful in future

added test case for issue #66

Fixed Issue #66 - "stale backchaining memos when new rules are added"

GBC computation issues proper replacement updates in the case were there was an
old value (i.e. item was non-null).

When rules are recompiled their index stays the same.

Rules which fail to compile are reported as errors, much like rules which fail
to initialize. Rule recompilation is now one rule at a time rather than all in
one go.

Added item hash function.

Updated doctests to reflect all of these changes.

Incorporate feedback from LI student crashlogs.

 - loaders test for whether file exists

 - load cmd catches syntax errors

 - fixed clearing push-time errors when retracting rule

Documented (and add test cases) for few newly discovered bugs in BC.

Recompile relevant rules after receiving `:- backchain` pragma.

fix crash report #67; color prompt #64

git should ignore VERSION file.

additional tests fro issue #52

Makefile maintains a VERSION file from which `./dyna --version` will obtain version information.

fix issue #63.

small fix.

added ':' operator.

After retracting all rules defining a functor/arity user is allowed to
change aggregator; Issue #61: can't retract wrong aggregator.

Issue #62: allow Dyna to report its own version.

added `|=` and fixed `:-`.

updated `test/repl/boolean-aggregators.dynadoc`

tweak

add test case for an instance of a cyclic program which uselessly runs off to infinity when we retract a node.

added test case from issue #31 - late backchaining declarations.

recompile rules on late backchain declaration (Issue #31); requires running
compiler to fixed point; maintaining a set of failed rules.

small tweak (hacky) to make compiler error messages friendlier -- show rule
source instead of `<repl>` (which was the mask for a big sha1+linenumbers).

Address Issue #51 - showing errors in "Changes"

updated doctests, caught some cases of missing clear error.

tweaks/cleanup

added test case for issue #52 -- keeping $key up to date.

add test for transitive deps in memoized BC rule retraction.

Big improvments to memoized BC rule retraction. We now correctly update
transitive dependents (before we didn't refresh the memos, so we were getting
incorrect behavior).

Catch ^C again..

Minor tweak to make fewer replacement updates to $key.

Fixed issue #52.

better error msgs.

minor tweaks.

fixed Issue #57

()

refactored code, resolved asymmetries between FC and BC (and within each) --
code now has fewer special cases and should have fixed a bunch of bugs we didn't
even know we had :-X

don't show BC items in changes.

(BC retraction has improved, but it's still not 100% correct thanks to stale
memos)

Clean up agenda loop.

anf file required.