Initial example of Euclidean Dijkstra example

See nwf/dyna#16; still open to improve.

Merge branch 'master' of github.com:nwf/dyna

Fix a small bug in the test harness

Thanks to Tim for the report that prop_no_unifyUnaliasedNV failed.

Rather than constrain prop_no_unifyUnaliasedNV to generate only UShared
terms, try a slightly different test in which we are unifying in a
preconstructed context.

added comment on running script.

merge

added post-processing script for animated force-directed graph layout.

added force-directed layout (with a small hack for random numbers).

use FIFO priorities added argument for runing post-processing scripts.

fix error :: String

Rework conjunction handling in normalizer -- it was erroneously discarding
the left hand side, rather than unifying with true.

While here, add both a test-case (examples/fib-limit.dyna) and some
documentation for users.

Closes github issue nwf/dyna#14.

merge

updated expected output for end-to-end tests.

()

New features and cleanup.

New feature: support for rule retraction

  - rules are indexed by `Interpreter` and stored in a `Rule` instance.

  - REPL features to list rules, retract rule by it'd rule index.

New features: item retraction

  - this is an experimental feature, which is very inefficient.

Update python deps in readme

chart dumps and trace output use dyna-style double quoted strings and lower case
Booleans.

better output formatting for REPL/query

Interpreter states encapulated in an `Interpreter` instance.

  - this was a big refactoring adds a few new files (chart.py, repl.py,
    config.py)

Fix: Errors stop on first failed handler.

Adding a new rule is safe. We check that the initializers run and there are no
aggregator conflicts before added the new rules to `Interpreter` state. We stage
propagation.

I've document a few more errors (see `examples/string-quote.dyna`)

Using the ~/.dyna directory

  - adds a dependency to the `path.py` module

Write up new normalization details

While here, permute the directory structure of docs/sphinx slightly.

Tweaks to the planner

Mostly cosmetic changes, but of note:
  The planner now uses the alias-tracking contexts for mode analysis (though
    it does not actually yet do anything with this power; this change is in
    preparation for backward-chaining)
  DOpAMine unifications are now tagged with determinisim information, again
    in preparation for future work; these are all currently set to DetNon.
  DOpAMine and Python OPEmit printout is much more vertically compact.

Rewrite ANF normalizer

Now uses destination-passing style and a new theory of contexts.  It has
many more opportunities to raise warnings in bizarre cases and no longer
generates quite so much cruft as before.

Better error messages:

 - handle errors in rule initializers.

 - include rule source in error message

 - no need to run delete-updates when an item "was" causing an error because
   these updates don't land on the agenda.

REPL uses correct rule indexes

 - Parser state maintained across calls.

 - colon equals is no longer buggy in the REPL.

Codegen minor aesthetics

merge

()

Merge branch 'master' of github.com:nwf/dyna

More parser work

Allow backends to restrict the set of acceptable aggregators.
Feed through rendered parser state.

merge

added a few examples.

Minor work in Analysis.Mode.Selftest.Contexts

Tidy README.md a bit

Add a placeholder tutorial section on errors

New documentation and cleanups

Notably, add docs/sphinx for our prose documentation and several
corresponding Makefile targets.

Small cleanups & update TODO

More parser work

Attempts to serialize parser state as a wad of pragmas and hand
them off to the backend.  This is hardly ideal, but it's something.

Fix a failing test

Automata in prop_call_test_sufficient should be nonempty on all disjuncts.

Thanks to Tim for the report.

Add dijkstra example as python selftest

added matrixops to python end-to-end tests.

merge

Error handling, hypergraph recovery.
  - code instrumentation `emit` now passed passengers.
  - see draw() method and --draw flag

minor cosmetics.

Merge branch 'master' of github.com:nwf/dyna

tweaks to style in debugger html output.

merge

codegen: put docstrings on handlers and initializers.

  - update ./debug to parse new format.

Updated TODO list.

parse_sexpr handles double quoted strings (at least crudely).

Some work towards resumable parsing

Merge branch 'master' of github.com:nwf/dyna

Fix some parser bugs

Aggregator parsing now much more rigorous & have more self-tests.
Facts now use "|=" aggregation as they should

emits are buffered in case an exception is thrown.

fixed typo in arity of mod.

updated expected output for papa2.

using an actual priority queue, no more ``_delete`` global variable.

global error suppression flag

merge

Queries return variable assignments

:- query rewrite(X,Y)
(1, {'Y': 'ate', 'X': 'V'})
(1, {'Y': 'caviar', 'X': 'N'})
(1, {'Y': 'spoon', 'X': 'N'})
(1, {'Y': 'the', 'X': 'Det'})
(1, {'Y': 'with', 'X': 'P'})
(1, {'Y': 'a', 'X': 'Det'})
(1, {'Y': 'Papa', 'X': 'NP'})

Added `dict=` (name might changed) and aggregator which stores user variable
assignments. [This is what is used for answering queries like the one above.qq]

Rework parser infrastructure

Parser now really should just be the parser.
OneshotDriver consumes an entire Dyna program at once, tracking
  all the requisite state from line to line, before emitting the
  whole mass to the down-stream pipeline.

While here, push through some changes for custom operator symbols, though
this is not quite wired up yet.

Remove stale files

()

merge

Fix a typo in matrixops example

moved pretty into Term.__repr__

Chart does not need update method thanks to the new Term objects.

Lots of work in Dyna.Analysis.Mode

Merge branch 'master' of github.com:nwf/dyna

Refactored: Term's store reference to their aggregator.

Make BackendDefn 'constants' a function

Rather than a guaranteed finite map.  While here, make NoBackend agree more
with the Python backend and sort the lists of primitives.

Chart now has indexes on each argument (but not the value).

Chart stores Term objects.

Fixed colon equals aggregator (:=).

Simplified code produced by Python codegen.

   for (X, Z, Value) in chart[:,Y,:,:]

is now

   for (X, _, Z, Value) in chart[:,Y,:,:]

colon equals (:=) tests.

()

Merge branch 'master' of ssh://github.com/nwf/dyna

Noticed some quirky behavior with global variables when REPL was in a different
module from interpreter so I switched it back temporarily.

minor refactoring to Chart.update and Chart.insert

The new Term object hasn't been pushed all the way thru. The old-style (fn,idx)
tuples are what get stored in the chart.

   TODO: track down and fix this.

Ghetto way to answer queries.

  :- query phrase(X,I,K)

in(2) :- query rewrite(X,I,K)
out(2) bag= _VALUE is rewrite(X,I,K), &result(&(rewrite(X,I,K)), _VALUE).
=============
out(2) := BAggregator({result(rewrite('PP','P','NP'),1): 1,
                       result(rewrite('VP','VP','PP'),1): 1,
                       ...
                       })

Try a new definition for := in python backend

Make emissions explicit in DOpAMine

Change the world so that the planner generates OPEmit verbs rather
than emissions being magical bits of the backend.  Expand the notion of an
emission to include the rule index (required for :=) and a set of variables
for hyper-edge identification.  (Currently, we emit all of them, but later
we will want to trim this down to only nondeterministic variables.)

This change is the code-generator mate of timv's changes in 6abdc37.

Detect missing alex and happy in make deps

cleanup/move repl into its own module.

minor cleanups

Cleaner representation of Term's as Python objects.

REPL handles ^C

First-pass at a REPL

 - user can add new rules (LIMITATIONS: no retracting rules; no queries yet.)

    - new rules check for aggregator conflict.

 - only shows the user what changed as a result of the new rule. rather than
   dumping the entire chart. The chart isn't dumped every time we hit go().

Nicer chart pretty printing (only relevant to sets or lists of items), which is
only experimental.

Reverted Wes' changes to eval it seems like the change was not tested. Sorry Wes.

Nicer formatting for tracing messages. Tracing is no longer printed to
stderr. by defualt, it goes to /tmp/dyna.log (there is a cmdline option to
change that; there is also commands in the REPL "trace on" and "trace off").

merge.

added dynac_code -- toward a REPL!

Merge branch 'master' of github.com:nwf/dyna

oops.

Switch python selftests to run compiler themselves

And only run the interpreter as a captive process.  This change is made with
the intent of more accurately reflecting code coverage when we start
tracking that within self-tests.

added --plan option to feed compiler output directly into interpreter without calling dyna compiler.

Documentation tweaks

Fix haddock in ParserHS

Bug-fix in planner

The ecrux being updated was erroneously fed into the planner as well,
leading to redundant OPIter in output plans.

While here, try to make some error messages more informative.

Syntax modernization and cleanups

Thanks to Juneki Hong for bringing to my attention that some of the
examples no longer built.

Snapshot of work in progress

Notably, this marks the first commit to fix an externally filed bug report;
thanks to Abram Demski for reporting!  Dyna should now build with ghc 7.4
and its Platform releases.  :)

(This commit is a little bigger than just the fix as I had already changed
some of the code in my working tree and there seemed to be no reason not to
just commit things.)

Tweak top-level executables to support DYNAHOME

While tweaking things, take tests out of all target in Makefile

Make a 'misc/' folder for odds and ends

Move HaddockPaths and vimrc there; add GHC bootstrapping script for
safe-keeping.

Move some constants from ANF to SurfaceSyntax

Try harder to build all haddocks at once

This is a pretty nasty hack which involves shell scripting and a small
program to go digging through Cabal internals.

Fix overlooked fallout from conversion to Insts

This has a side-effect of fixing haddock builds. :)

Stop building hsdyna library

Cabal isn't smart enough to use it internally to the other builds, and it
certainly has no other potential users at the moment.

Add "for" as another spelling of "whenever"

Check in TODO list for LSA 2013.

Here's hoping.

Another change to ANF

Now that we are indexing evals by an unique Int, we may as well
enforce that with an IntMap, rather than just a Set.

This is in preparation for displaying each update's ANF after
double-counting prevention cruxes have been added.

Improve ./debug

Cleanup ANF frontend some more

Eliminate the awkward old ANF language in favor of direct translation to
Cruxes in Dyna.Analysis.ANF.  Evaluation cruxes are now properly indexed
within rules using an Int, so we don't have to rely on the output variable
being unique.  There are more flavors of unification cruxes, including
inequality constraints.

The terrible 'handleConflictors' has been replaced with a much more
sane function which operates on cruxes, rather than on DOpAMine, which will
be welcome when we have more interesting OPIter modes.

While here, move python scripts from bin/ to src/Dyna/Backend/Python and
adjust the world.  Use this as an excuse to make ./debug invoke the dyna
compiler only once and dump everything to different files in $PROGRAM.d/

First pass at new mode infrastructure plumbing

This brings the Mercury mode system all the way out through the planner,
though it does not actually really avail itself of any of the improved
functionality.  It compiles and passes all selftests, but that, too, is
hardly saying anything.

Snapshot before more surgery

First pass at disposition pragmas

More cleanups and a forgotten file

Dependency fixes, hopefully

Snapshot mode stuff

Several small bug fixes